독도는 해저 약 2,000m에서 솟은 용암이 굳어져 형성된 화산섬으로, 신생대 3기 플라이오세 전기부터 후기 사이, 약 460만 년 전부터 250만 년 전 사이에 전체적인 지형 양상이 만들어졌다 (경상북도, 2010,독도총서)

섬 전체 중 극히 일부분만 바다위로 드러나 있으며, 전체적인 높이는 약 2,300m에 이르고 상부직경이 약 10km가 넘는 거대한 화산체이다
(한국해 양연구원 독도전문연구센터)

서도와 동도 사이에는 폭 110~160m, 길이 약 330m, 수심 5~10m의 해협이 존재한다. 또, 동도에 비해서 서도는 인근 해역의 수심이 얕으나, 동도는 해안에서 조금만 떨어져도 수심이 수 백 m에 이른다
(대구지방환경청, 2013)

독도에는 현재 50-60여 종 내외의 식물이 있는 것으로 조사되었다.

독도는 제주도나 울릉도에 비해 형성시기가 빠르고, 남해와 서해에서는 볼 수 없는 대양섬(oceanic island)으로 독도에서 자생하고 있는 식물은 지리학적· 식물학적으로 매우 중요한 의미를 가진다(선병운 등, 1996).독도에서 조사된 식물들은 대부분 초본이지만 사철나무, 왕호장근, 섬괴불나무, 동백나무,보리밥나무 등 5분류군의 목본 식물도 서식하고 있다.

독도에서 자생하고 있는 식물종 중 원식생을 유지하는 식물종은 도깨비쇠고비, 땅채송화, 해국 등이 있다. 이들은 독도의 자연환경에 최적화된 분류군으로서 앞으로도 독도를 상징적으로 나타낼 수 있는 식물종이라 할 수 있다
(경상북도, 2010, 독도총서)

특히 독도 사철나무는 독도에서 현존하는 수목 중 가장 오래된 나무로 독도에서 생육할 수 있는 대표적인 수종으로 천연기념물 제538호로 지정되었으며(2012. 10. 5) 국토의 동쪽 끝 독도를 100년 이상 지켜왔다는 영토적·상징적 가치가 크다고 할 수 있다
(문화재청, 2012)

독도에서 지금까지(2013년) 확인된 조류는 총 175종이다. 독도는 괭이갈매기, 바다제비, 슴새의 대집단 번식지이며, 지리적 특수성으로 인간 활동의 영향을 받지 않아 천연의 생물상을 유지하고 있다.

이러한 이유로 문화재청에 의해 1982년 천연기념물 제336호 ‘독도해조류번식지’로 지정되었다가 특이한 육상·해양생물상과 지형·지질 등의 학술적·유산적 가치로 인하여 ‘독도천연 보호구역’로 명칭이 변경되어 보호받고 있다
(‘99. 12 문화재청고시 제1999-25호)

특히 독도는 북쪽과 남쪽을 오가는 철새들의 이동경로 상에 있어 다른 쉴 곳이 없는 철새들의 구원섬 역할을 하고 있을 뿐만 아니라 철새들이 이용하는 이동경로에 포함되는 태평양, 환동해안에 위치하여 생물학적으로 중요한 가치를 가지고 있다
(대구지방환경청, 2013)

독도에서 확인된 곤충은 과거부터 2013년까지 총 134종으로 밝혀져 있다(미동정 30종 제외). 생물지리학적으로 볼 때, 독도의 곤충상은 매우 특이한데 이는 화산섬인 독도의 식물상의 분포가 제한적이기 때문이다. 또 비래곤충(외부로부터 태풍 또는 기류를 타고 이동하여 국내에 유입되는 곤충)이 있다 하더라도 열악한 서식환경 때문에 독도에서 살아남기가 쉽지 않다.

독도에서 조사된 곤충은 분류군별로 딱정벌레목, 파리목, 나비목, 벌목, 노린재목, 매미목, 톡토기목, 잠자리목, 메뚜기목, 집게벌레목, 풀잠자리목으로 나타난다.

독도 연안에서 2006년~2010년까지 수중잠수조사를 통해 출현한 해조류는 총 95종이며 미역, 다시마, 김, 우뭇가사리, 톳 등이 있다.

독도 연안에 출현하는 해조류는 갈조류, 녹조류, 홍조류로 구분되며 최근 종수가 급격히 감소하고 있다고 한다. 이는 울릉도와 함께 해수온의 상승과 남쪽의 열대성 해류의 북상이나 지구온난화에 의한 해양환경 변화에 따른 것으로 추측된다
(경상북도, 2012, 울릉도·독도 에코 관광가이드북)